Офіційна медицина використовує екстракт чебрецю як відхаркувальний та знеболювальний засіб при кашлі у дітей, радикуліті.

Чебрець входить до складу ліків від кашлю – пертусина.

У науковій медицині настої, відвари та екстракти надземної частини призначають при гострих і хронічних захворюваннях дихальних шляхів, бронхіальній астмі та туберкульозі. Використовують препарати рослини також при атонії та спазмах кишечника, метеоризмі.

В народній медицині чебрець знайшов більш широке застосування. Його використовують як знеболювальний засіб при радикулітах та невритах. Його також використовують як сечогінний, потогінний, відхаркувальний, знеболювальний та заспокійливий засіб. Препарати чебрецю застосовують при болях в шлунку та кишечнику, при хворобах нирок, невралгії, безсонні, цинзі.

Як знезаражувальний та знеболювальний засіб застосовують примочки з чебрецю на рани, настоянку та порошок з трави.

При хворобах, викликаних порушенням обміну речовин рекомендують ароматичні ванни з чебрецю.

• радикуліт;
• неврит;
• кашель, коклюш;
• невралгія, безсоння

Відвар чебрецю:
15 г трави залити склянкою кип’ятку, настояти. Пити по 1 ст. ложці тричі на день.

Екстракт:
2 ч. ложки трави залити половиною склянки кип’ятку, випарити до половини, додати мед. Пити по 1 ч. ложці 3-4 рази на день.

Настій:
50 г сухої трави залити половиною склянки кип’ятку, настоювати 4 години в теплому місці загорнутим в рушник або в термосі, випити за 5-6 прийомів. Настоєм можна натирати хворі місця після чого закутавши чимось теплим.

Настій 2:
2 ст. ложки трави залити двома склянками кип’ятку, настояти 2 години, процідити. Пити рівними порціями 3-4 рази на день.

Радикуліт, неврит:
відвар чебрецю (15 г трави залити склянкою кип’ятку, настояти протягом години) або примочки (теплі жмихи прикладати на хворе місце).

Кашлюк:
відвар трави чебрецю, змішати порівну з відваром кореня алтея (10 г на склянку кип’ятку), тримати на водяній бані поки відвару не стане вдвічі менше, додати 1-2 чайні ложки чистого меду на склянку відвару. Пити по 1 ч. ложці тричі на день.

При алкоголізмі:
суміш 4 частини чебрецю, 1 частину полину гіркого, 1 частину золототисячника залити склянкою кип’ятку, настояти протягом години. Пити по 1 ст. ложці тричі на день  протягом 2-3 місяці

знижена функція щитовидної залози, виразкова хвороба дванадцятипалої кишки і шлунку, вагітність, лактація, гострі запальні захворювання печінки та нирок.